Pirmā starptautiskā konference “Kurzemes - Zemgales hercogiste - pētniecībā sasniegtais un perspektīvas”, ko muzejs rīko sadarbībā ar Ventspils domi un LU Vēstures institūtu, notiek 2000.gadā. Turpmāk notikušas vairākas starptautiskas konferences, veltītas Kurzemes-Zemgales hercogistes vēsturei. Vēl Akmeņu ielā 3 noris ideju projektu konkurss par pils ekspozīcijas un sabiedriskās zonas 1. kārtas mākslinieciski dizainisko risinājumu, kurā uzvar un projektu ar nosaukumu “Dzīvā vēsture” realizē J. Rozentāla Rīgas mākslas koledža – mākslinieki E. Vērpe un J. Mitrēvics. 2001.gadā tiek mainīts muzeja nosaukums, kopš tā laika: Ventspils muzejs un tā struktūrvienība (toreiz – filiāle) – Piejūras brīvdabas muzejs. 2001.gada 7.septembrī notiek muzeja atklāšana pilī restaurētās telpās 1. stāvā un tornī, ar tolaik modernu un neredzētu ekspozīciju, t.sk. digitālo sadaļu. Muzejs saņem prestižo Spīdolas balvu. 2001.gadā iznāk “Muzeja rakstu” I sējums. Jaunākais – VIII – iznācis 2016. gadā. 2001.gada nogalē muzejs no Akmeņu ielas pārceļas uz pili, kopā ar krājumu, kurā tobrīd 99 700 vienību. Un tā gada rudens vētras atklāj Staldzenes depozītu – joprojām lielāko bronzas laikmeta depozītu Baltijas valstīs - A.Vijupa un A. Vaska grāmata “Staldzenes depozīts” (2004). Muzejs iegūst savu pašreizējo logo - šādai idejai iedvesmo 1729. gada Ventspils pils zīmējums. Notiek arheoloģiskie izrakumi Ventspils novadā, piemēram, Puzes Lejaskrogā, Zlēku Gaisiņos un Užavā. 2007.gada 3. augustā atklāj Amatu māju jeb Ziemeļkurzemes Amatniecības konsultāciju centru – Ventspils muzeja jaunāko filiāli. Būtiskākās atziņas par desmitgadi no 1998.gada līdz 2008.gadam: Ventspils muzejs ir pils, aktivizējušās visas muzeja darbības jomas: pētniecība, krājuma darbs, ekspozīciju un izstāžu darbs, restaurācija, attīstījušās jaunas jomas – muzejpedagoģija, jaunas komunikācijas formas. Daudz jauna mūsu zināšanās par šo pilsētu un novadu. Pēc vēsturnieces S.Lindenbergas sagatavotā materiāla.